Qué es una factura rectificativa por diferencias y cómo emitirla

En el día a día de cualquier empresa es habitual encontrar pequeños errores en las facturas emitidas: descuentos no aplicados, devoluciones de producto, cambios en la base imponible o ajustes de precio posteriores a la venta. 

En todos estos casos, no es necesario sustituir completamente la factura original, sino que basta con emitir una factura rectificativa por diferencias.

Este tipo de documento permite corregir importes parciales sin anular la factura inicial. Es una herramienta contable reconocida por la Agencia Tributaria y fundamental para mantener la coherencia fiscal y contable de una empresa.

A continuación, veremos qué es una factura rectificativa por diferencias, cuándo se usa, qué requisitos debe cumplir y cómo emitirla paso a paso según la normativa española.

Qué es una factura rectificativa por diferencias

Una factura rectificativa por diferencias es un documento que modifica de manera parcial una factura ya emitida, reflejando únicamente la diferencia que debe corregirse.

A diferencia de la factura rectificativa por sustitución, que anula completamente la factura anterior, la modalidad por diferencias mantiene la factura original vigente y solo ajusta los importes necesarios.

En otras palabras, no se genera una nueva factura que reemplace a la anterior, sino una adicional que corrige un valor concreto: puede ser un aumento o una disminución en el importe, en la base imponible o en el IVA.

Base legal y normativa aplicable

La factura rectificativa por diferencias está regulada en el artículo 15 del Real Decreto 1619/2012, por el que se aprueba el Reglamento de Facturación. Este establece la obligación de emitir una factura rectificativa cuando:

“La factura original no cumpla alguno de los requisitos establecidos legalmente o las cuotas del IVA repercutidas se hubieran determinado incorrectamente.”

El mismo artículo permite dos modalidades de rectificación:

• Mediante una factura que refleje solo las rectificaciones necesarias (por diferencias).
• O mediante la emisión de una nueva factura que sustituya completamente a la anterior (por sustitución).

La modalidad por diferencias es la más utilizada en la práctica, ya que los errores parciales son más frecuentes que los globales.

Cuándo se usa una factura rectificativa por diferencias

Este tipo de factura se utiliza cuando los errores no afectan a los datos esenciales de la factura original, sino solo a los importes o condiciones económicas. Algunos ejemplos comunes son:

• Aplicación de descuentos posteriores a la venta.
• Devolución parcial de productos o servicios.
• Modificación del precio acordado con el cliente.
• Corrección de errores menores en el IVA o en la base imponible.
• Bonificaciones o ajustes por promociones o compensaciones.
• Cargos adicionales por gastos no incluidos en la factura original.

En todos estos casos, la factura original sigue siendo válida, y la rectificativa solo refleja la diferencia, positiva o negativa, necesaria para ajustar los importes.

7 Requisitos de una factura rectificativa por diferencias

Al igual que cualquier factura ordinaria, una factura rectificativa debe contener los datos exigidos por la ley. Además, debe incluir información específica que indique que se trata de una corrección parcial:

1. Numeración y serie independiente: La factura rectificativa debe tener su propia secuencia numérica (por ejemplo, R-2025-010), separada de la de las facturas normales.
2. Fecha de emisión: La fecha será la del día en que se emite la rectificación, no la de la factura original.
3. Referencia a la factura original: Es obligatorio indicar el número y la fecha de la factura que se está corrigiendo.
4. Motivo de la rectificación: Debe especificarse brevemente el motivo: “descuento comercial posterior”, “devolución parcial de producto”, “ajuste de IVA”, etc.
5. Importe de la diferencia: Solo se reflejará la variación, ya sea positiva (si aumenta el importe) o negativa (si lo reduce).
6. Identificación del emisor y del destinatario: Igual que en una factura ordinaria, con nombre, dirección y NIF de ambas partes.
7. Mención expresa de que se trata de una factura rectificativa: Ejemplo de texto: “Factura rectificativa por diferencias correspondiente a la factura F-2025-078 emitida el 05/06/2025.”

Cómo emitir una factura rectificativa por diferencias paso a paso

1. Identifica el error y determina la diferencia

Revisa la factura original y detecta qué importe debe modificarse. Calcula la diferencia exacta (base imponible, IVA o total).

2. Crea la nueva factura rectificativa

Emite una nueva factura con numeración propia. En ella deberás incluir:

• La referencia a la factura original.
• El motivo de la rectificación.
• Solo los importes que cambian (por ejemplo, -200 € de base imponible).

3. Verifica el cálculo del IVA

Si la diferencia afecta a la base imponible, recalcula el IVA correspondiente. El importe puede ser positivo o negativo, según se incremente o se reduzca el total.

4. Comunica la factura rectificativa al cliente

Envía la factura al cliente por el mismo medio en que se emitió la original. Es importante que el cliente registre también la rectificación en su contabilidad.

5. Registra la factura en contabilidad

Registra la factura rectificativa en el libro de facturas expedidas e inclúyela en la liquidación de IVA correspondiente al periodo en que se emite.

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Ejemplo práctico

Una empresa de suministros emite la factura F-2025-102 el 1 de julio de 2025 por 2.000 € + IVA (21 %). Días después acuerda con el cliente un descuento comercial del 5 %.

Para aplicar la reducción:

• Calcula la diferencia: 5 % de 2.000 € = 100 €.
• Emite la factura rectificativa R-2025-008 por -100 € de base imponible y -21 € de IVA.
• En el texto añade:
  “Factura rectificativa por diferencias correspondiente a la factura F-2025-102 emitida el 01/07/2025. Motivo: descuento comercial del 5 % aplicado posteriormente.”

La factura original sigue siendo válida, y la rectificativa refleja únicamente la diferencia negativa.

Cómo afecta al IVA una factura rectificativa por diferencias

El efecto de una factura rectificativa en el IVA depende de si la diferencia es positiva o negativa:

• Si el importe aumenta, se incrementa el IVA repercutido.
• Si el importe disminuye, se reduce el IVA repercutido.

En ambos casos, la corrección debe incluirse en el periodo en que se emite la factura rectificativa, no en el de la factura original. Esto es importante para evitar inconsistencias en las declaraciones fiscales.

Ejemplo: Si la factura original se emitió en junio y la rectificativa en agosto, el ajuste de IVA se reflejará en la liquidación de agosto.

Factura rectificativa electrónica

Las facturas rectificativas por diferencias pueden emitirse en formato electrónico, cumpliendo los mismos requisitos que las facturas en papel.

Deben contener la información obligatoria, estar firmadas digitalmente o generarse mediante un sistema de facturación autorizado, como Facturae o Legalpin.

Ventajas de emitirla electrónicamente:

• Envío inmediato al cliente.
• Automatización del cálculo de diferencias.
• Mayor trazabilidad y control contable.
• Reducción de errores de numeración o duplicación.

Plazo para emitir una factura rectificativa

La normativa permite emitir una factura rectificativa hasta cuatro años después del devengo del impuesto, aunque en la práctica se recomienda hacerlo de inmediato tras detectar el error. Emitirla cuanto antes garantiza la coherencia de los registros contables y evita problemas con Hacienda.

Qué ocurre si el cliente ya ha declarado el IVA

Si el cliente ya ha contabilizado la factura original, deberá incluir la factura rectificativa en el periodo en que la reciba. El ajuste se reflejará en su IVA soportado, aumentando o reduciendo el importe en función de si la diferencia es positiva o negativa.

Factura rectificativa por diferencias vs. nota de abono

En la práctica, muchas empresas utilizan el término “nota de abono” como sinónimo de factura rectificativa por diferencias.

La diferencia es que la nota de abono refleja siempre una disminución del importe, mientras que la factura rectificativa puede reflejar tanto una disminución como un incremento.

Por tanto, toda nota de abono es una factura rectificativa, pero no todas las facturas rectificativas son notas de abono.

Recomendaciones para emitir facturas rectificativas correctamente

• Utiliza un software de facturación fiable que gestione series automáticas de facturas rectificativas.
• Especifica siempre el motivo de la rectificación.
• Guarda la factura original y la rectificativa juntas para mantener trazabilidad.
• Verifica los cálculos de IVA antes de emitirla.
• Comunica al cliente la rectificación para que actualice su contabilidad.

Conclusión

La factura rectificativa por diferencias es la herramienta que permite corregir errores parciales o aplicar descuentos sin necesidad de anular la factura original. Es una práctica habitual, sencilla y necesaria para garantizar la exactitud de la contabilidad y cumplir con las obligaciones fiscales.

Emitirla correctamente asegura la transparencia en las relaciones comerciales y evita problemas con la Agencia Tributaria. En resumen, cuando solo necesitas ajustar un importe y no sustituir la factura completa, la opción correcta es la rectificativa por diferencias.

Preguntas Frecuentes

¿Qué es una factura rectificativa por diferencias?

Es un documento que corrige de manera parcial una factura ya emitida, reflejando solo la diferencia económica que debe ajustarse.

¿Cuándo se debe emitir?

Cuando el error afecta únicamente a los importes o condiciones económicas, no a los datos esenciales de la factura.

¿Cómo se numera?

Debe tener una serie y numeración propias, separadas de las facturas ordinarias (por ejemplo, R-2025-010).

¿Cómo afecta al IVA?

El ajuste se declara en el periodo en que se emite la factura rectificativa, nunca en el de la factura original.

¿Puede emitirse en formato electrónico?

Sí, siempre que cumpla los requisitos legales y se emita mediante un sistema autorizado o firmado digitalmente.

¿Es lo mismo que una nota de abono?

No exactamente. Una nota de abono siempre refleja una disminución del importe, mientras que una factura rectificativa puede reflejar aumentos o disminuciones.