Qué es una factura rectificativa por sustitución y cómo emitirla

Emitir una factura con errores es más habitual de lo que parece. Ya sea por un importe mal calculado, un NIF incorrecto o una confusión con el cliente, estos fallos no pueden modificarse directamente en la factura original. 

La normativa exige emitir una factura rectificativa, y cuando el error afecta a la totalidad del documento, debe hacerse mediante una factura rectificativa por sustitución.

A continuación, veremos qué es este tipo de factura, cuándo debe usarse, qué datos debe incluir y cómo emitirla correctamente según la legislación española.

Qué es una factura rectificativa por sustitución

Una factura rectificativa por sustitución es un documento que anula completamente una factura anterior y la sustituye por una nueva. Se utiliza cuando la factura original contiene errores sustanciales que no pueden corregirse de forma parcial.

A diferencia de la rectificativa por diferencias, que solo ajusta importes concretos, la factura por sustitución reemplaza por completo a la anterior. Deja sin efecto el documento previo y lo sustituye por uno nuevo con los datos corregidos y una numeración distinta.

Base legal y normativa aplicable

La obligación de emitir una factura rectificativa está regulada en el artículo 15 del Real Decreto 1619/2012, que aprueba el Reglamento de Facturación. Este establece que debe emitirse una factura rectificativa cuando la original no cumpla los requisitos legales o cuando las cuotas de IVA repercutidas se hayan determinado incorrectamente.

El mismo artículo indica que la rectificación puede hacerse de dos formas:

• Mediante una factura que refleje solo las rectificaciones necesarias (por diferencias).
• O bien, mediante la emisión de una nueva factura que sustituya por completo a la anterior (por sustitución).

Cuándo se usa una factura rectificativa por sustitución

Este tipo de factura debe utilizarse cuando el error afecta a elementos esenciales o globales del documento. Algunos casos típicos son:

• Error en los datos fiscales del emisor o del cliente (NIF, razón social, dirección).
• Cambio en la base imponible o en el tipo de IVA aplicado.
• Importe total incorrecto.
• Factura emitida a un cliente equivocado.
• Error en la fecha o numeración de la factura original.
• Anulación de facturas devueltas o canceladas.

En estos supuestos, no basta con modificar un importe parcial. La ley exige anular la factura inicial y sustituirla por una nueva que refleje correctamente la operación.

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7 Requisitos de una factura rectificativa por sustitución

Toda factura rectificativa debe incluir los datos obligatorios de una factura ordinaria, además de los siguientes elementos específicos:

1. Numeración y serie propia: Debe tener una numeración independiente de las facturas normales, generalmente con una letra o prefijo (por ejemplo, R-2025-001).
2. Fecha de emisión: La fecha debe ser la del día en que se emite la corrección, no la original.
3. Referencia a la factura sustituida: Es obligatorio indicar el número y la fecha de la factura que se anula.
4. Motivo de la rectificación: Debe explicarse brevemente el motivo: “rectificación por error en importe”, “cambio de NIF del cliente”, etc.
5. Importes corregidos: Se reflejan los nuevos importes de base imponible, tipo y cuota de IVA.
6. Identificación del emisor y destinatario: Con los mismos requisitos que una factura normal.
7. Mención expresa de sustitución: Debe incluir una frase como:
   “Esta factura sustituye a la factura número F-2025-014 emitida el 03/04/2025 por error en el importe y NIF del cliente.”

Cómo emitir una factura rectificativa por sustitución en 5 pasos

1. Detectar el error y determinar si requiere sustitución

Revisa el tipo de error. Si afecta al cliente, al importe, al IVA o a cualquier dato esencial, deberás optar por la modalidad por sustitución.

2. Anular internamente la factura original

Marca la factura original como “anulada” en tu sistema de facturación o contabilidad para mantener trazabilidad. No se borra ni se modifica.

3. Emitir la nueva factura

Crea un nuevo documento con numeración distinta, fecha actual y los datos corregidos. Incluye siempre la referencia a la factura que se sustituye.

4. Enviar la factura rectificativa al cliente

Comunica al cliente la nueva factura por el mismo medio que la original. El cliente deberá registrar la nueva y eliminar la anterior de su contabilidad.

5. Registrar la factura en contabilidad

Registra la rectificativa en el libro de facturas expedidas como tal. En la declaración de IVA, reflejarás la corrección en el periodo en que se emite la factura rectificativa, no en el periodo original.

Ejemplo práctico

Una empresa emite la factura F-2025-045 el 2 de mayo de 2025 por 1.500 € + IVA. Días después, descubre que el importe correcto era de 1.200 € y que el cliente tenía un NIF diferente.

Para corregirlo:

• Emite la factura rectificativa R-2025-003 con fecha 10 de mayo.
• Incluye el texto:
  “Esta factura sustituye a la factura F-2025-045 de fecha 02/05/2025 por error en importe y NIF.”
• Corrige la base imponible a 1.200 €, IVA 21 %, total 1.452 €.
• Registra la nueva factura y notifica al cliente.

Cómo afecta al IVA una factura rectificativa por sustitución

La rectificación del IVA debe declararse en el periodo en que se emite la factura rectificativa, no en el de la factura original. Si el importe corregido es menor, se reducirá el IVA repercutido; si es mayor, se incrementará.

Ejemplo:

• Factura original emitida en marzo.
• Factura rectificativa emitida en mayo.
• La corrección se refleja en la liquidación de mayo.

Esta regla aplica tanto a facturas físicas como electrónicas.

Factura rectificativa electrónica

Las facturas rectificativas por sustitución pueden emitirse también en formato electrónico, siempre que cumplan los mismos requisitos legales. 

Deben conservar la trazabilidad, estar firmadas digitalmente o emitirse a través de sistemas autorizados como Facturae o Legalpin.

Ventajas de la versión electrónica:

• Envío inmediato al cliente.
• Validación automática de datos.
• Evita duplicidades y errores de numeración.
• Mayor trazabilidad en auditorías.

Plazo para emitir una factura rectificativa

El Reglamento de Facturación establece un plazo máximo de cuatro años desde el devengo del impuesto para rectificar una factura. Sin embargo, se recomienda hacerlo tan pronto como se detecte el error para evitar inconsistencias contables y posibles requerimientos de Hacienda.

Qué ocurre si el cliente ya ha declarado el IVA

Si el cliente ya ha contabilizado la factura original, deberá registrar la nueva factura rectificativa en el periodo en que la reciba. El ajuste se reflejará en su IVA soportado, aumentando o disminuyendo la cantidad según el caso.

Factura rectificativa vs. autofactura

La factura rectificativa no debe confundirse con la autofactura.

• La autofactura la emite el cliente en nombre del proveedor, en situaciones especiales (por ejemplo, inversión del sujeto pasivo o adquisiciones intracomunitarias).
• La rectificativa la emite siempre el proveedor para corregir una factura anterior.

Son documentos distintos, con implicaciones fiscales diferentes.

Recomendaciones para evitar errores

• Utiliza un software de facturación profesional que gestione series independientes y automatice referencias.
• Guarda siempre la factura original junto con la rectificativa.
• Informa al cliente inmediatamente de la corrección.
• Comprueba el cálculo del IVA antes de emitir la nueva factura.
• Indica claramente el motivo de la rectificación.

Conclusión

La factura rectificativa por sustitución es el mecanismo legal para corregir errores graves en una factura ya emitida. Su objetivo es anular completamente la factura original y reemplazarla por una nueva, con todos los datos correctos y actualizados.

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Emitirla correctamente no solo garantiza el cumplimiento fiscal, sino también la transparencia y la profesionalidad en la gestión contable. Cada vez que un error afecte a la totalidad de la factura, esta es la vía obligatoria para dejar constancia de la corrección ante Hacienda.

Preguntas Frecuentes

¿Qué es una factura rectificativa por sustitución?

Es un documento que anula completamente una factura anterior y la sustituye por otra nueva con los datos corregidos.

¿Cuándo se debe emitir?

Cuando el error afecta a datos esenciales como NIF, cliente, importe total, fecha o tipo de IVA.

¿Cómo se numera una factura rectificativa?

Debe tener su propia serie de numeración, independiente de las facturas ordinarias (por ejemplo, R-2025-001).

¿Qué ocurre con el IVA?

El ajuste del IVA se declara en el periodo en que se emite la factura rectificativa, no en el periodo original.

¿Se puede emitir en formato electrónico?

Sí, siempre que cumpla los requisitos legales y se emita mediante un sistema autorizado o firmado digitalmente.

¿Hay que conservar la factura original?

Sí, ambas deben guardarse durante al menos cuatro años para posibles revisiones fiscales o auditorías.